تضطلع ادارة افريقيا والتعاون العربي الافريقي بعدد من المهام يمكن حصرها على النحو التالي:
اولا : التعاون العربي الأفريقي:
تنفيذ ومتابعة كافة قرارات القمم العربية والأفريقية في مختلف المجالات بالتنسيق مع الإدارات الفنية بالأمانة العامة ومفوضية الإتحاد الأفريقي، وتقييم ومراجعة خطة إستراتيجية الشراكة العربية الأفريقية، في المجالا ت ذات الأولوية في اهتمامات المنطقتين وهى:
التعاون السياسي والأمني.
التعاون الاقتصادي والمالي والتجاري.
التعاون في مجال الزراعة والأمن الغذائي
التعاون الاجتماعي والثقافي
ويتم تنفيذ مجالات الشراكة عن طريق آليات التنفيذ والمتابعة الآتية:
القمة العربية الافريقية: هي السلطة العليا لوضع السياسات وصناعة القرارات، التي تعتمد الإستراتيجية، وخطط العمل قصيرة المدى، وتقيم التقدم المحرز في تنفيذهما، وتوجه العمل المستقبلي. وتنعقد كل ثلاث سنوات بالتناوب في البلدان العربية والإفريقية. وتقوم الادارة بمهام المنسق العربي لإعمال القمة العربية الأفريقية.
مجلس وزراء الخارجية للدول الأفريقية والعربية: الذراع السياسي للقمة الأفريقية العربية ويتألف من وزراء خارجية، ويجتمع كل 18 شهر بالتناوب في بلدان أفريقية وعربية ويستعرض خطط العمل ويتلقى تقارير الهيئات الفرعية ويجيز برنامج عمل ووثائق عمل القمة.
الاجتماعات الوزارية القطاعية: مثل الاجتماع الوزاري العربي الأفريقي للتنمية الزراعية والأمن الغذائي: ينعقد الاجتماع الوزاري كل سنتين بالتناوب بين الإقليمين، وتعد وحدة التسهيل الذراع التنفيذي المعنية بتنفيذ خطة العمل العربية الأفريقية المشتركة للتنمية الزراعية والأمن الغذائي.
لجنة تنسيق الشراكة الأفريقية العربية: وتعتبر هذه اللجنة من اهم اليات التنفيذ والمتابعة حيث تعد الذراع التنفيذي للقمة وتتولى تنفيذ ومتابعة ورصد إستراتيجية الشراكة وخطط العمل فيما بين اجتماعات القمة، كما تتلقى التقارير الدورية من مفوضية الاتحاد الافريقي والأمانة العامة، تتكون من الترويكا تضم ممثل عن الرئيس الحالي للقمة العربية وممثلين عن الرئيسين السابقين والقادمين للقمة الإفريقية والعربية. وكل من رئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي والأمين العام لجامعة الدول العربية، ممثل عن الرئيس الحالي للاتحاد الأفريقي ويمكن لرؤساء المؤسسات الأفريقية والعربية ذات الصلة حضور الاجتماعات بصفة المراقب، وتجتمع مرة سنويا على المستوى الوزاري وكل ستة أشهر على مستوى كبار المسؤولين بالتناوب في الإقليمين.
اجتماعات التعاون العربي الافريقي: تنعقد اجتماعات التعاون المشتركة بين مفوضية الاتحاد الأفريقي والأمانة العامة للجامعة العربية سنويا للتشاور في مختلف القضايا المتعلقة بالتعاون العربي الأفريقي سياسيا، اقتصاديا، اجتماعيا.
المنتدى الاقتصادي العربي الأفريقي: ينعقد المنتدى على هامش القمة العربية الأفريقية التي تعقد كل 3 سنوات بالتناوب بين الإقليمين، ويجمع بين المسؤولين الحكوميين والخبراء والأكاديميين والقطاع الخاص ومنظمات المجتمع المدني والغرف التجارية لكلا الجانبين لتوفير الدعم الفكري لعملية التنفيذ ومتابعة الإستراتيجية وخطط العمل.
المعرض العربي الأفريقي: ينعقد المعرض كل سنتين بالتناوب بين الإقليمين. بهدف المساهمة في تعضيد التعاون الاقتصادي بين الدول العربية والأفريقية، والتعرف على فرص الاستثمار المتاحة من المنطقتين بهدف ترويج الاستثمار العربي الأفريقي المشترك وخلق فرص لتبادل الاستثمار بين الجانبين.
المعهد الثقافي العربي الأفريقي - باماكو: مهمة المعهد الثقافي العربي الأفريقي تطوير العلاقات العربية الافريقية، تنظيم البرامج والندواتِ والمؤتمراتِ والمهرجاناتِ التي سَتجْمع خبراءَ الثقافة، الادباء والمفكرون لتعزيز ونشر التبادل الثقافي بين الطرفين.
مؤتمر القمة الأفريقية: تشارك الإدارة في تمثيل الأمانة العامة في أعمال مؤتمر الاتحاد الأفريقي الذي ينعقد مرتين سنويا.
ثانيا: التصدي للمحاولات الاسرائيلية للتغلغل في افريقيا
تتابع الادارة موضوع التصدي للمساعي الاسرائيلية للتغلغل في البلدان الافريقية وتوطيد علاقاتها بها ومحاولات انضمام اسرائيل الى الاتحاد الافريقي وشغل مناصب هامة في الامم المتحدة.
ويتأسس عمل الادارة في هذا الشأن على تكثيف الجهود العربية المشتركة وتنسيق مواقفها نحو تعزيز العلاقات ت الدبلوماسية والشعبية بالدول الافريقية لمنع التغلغل الاسرائيلي في البلدان الافريقية، وبتذكيرها بموقف الاتحاد الافريقي الثابت الداعم للقضية الفلسطينية، بجانب العمل على تنشيط آليات التعاون والدعم العربي الاقتصادي والتنموي للدول الافريقية وتفعيلها على خلفية قمة الكويت عام 2013، وما حققته من انجازات.
وبالفعل نجحت الأمانة العامة في وق ف محاولة وفد اسرائيل المشاركة في الجلسة الافتتاحية لقمة مجلس السلم والامن الافريقي والجلسة الافتتاحية للقمة الافريقية يومي 25-26/6م2014، بمالابو عاصمة غينيا الاستوائية، موضحة ان ذلك الامر لاتقبله الجامعة العربية ودولها الاعضاء ويشكل سابقة على العلاقات بين الجامعة العربية والاتحاد الافريقي، بجانب تناقضها مع الموقف الأفريقي الداعم للقضية الفلسطينية، كما انه يرسل رسالة سلبية الى القمة العربية الافريقية الرابعة التي سوف تعقد في غينيا الاستوائية عام 2016.
ثالثا : تعزيز نشر اللغة العربية في تشاد
شاركت الإدارة في البعثة التي تم إيفادها إلى تشاد للوقوف على احتجاجيتها بشأن تعزيز نشر اللغة العربية فيها ، وذلك بناء على قرار مجلس الجامعة رقم 7604 الصادر بتاريخ 6/3/2013، كما شاركت في العديد من الاجتماعات الخاصة بهذا الشأن، منها اجتماع وزراء التربية والتعليم العرب المنعقد بتونس في مايو 2014، كم يوجد بند مخصص لتعزيز نشر اللغة العربية في تشاد في موازنة إدارة أفريقيا والتعاون العربي الأفريقي