تتولى إدارة العمليات تحت إشراف المدير العام المهام التالية:-
1- اعداد اوراق العمل والتقارير التى تعرض على مجلس الادارة حول سير برامج المعونة الفنية التى يقدمها الصندوق.
2- تنفيذ القرارات والتوصيات الصادرة عن مجلس الجامعة فى مجال المعونات الفنية.
3- تنفيذ الخطط والبرامج التى يعدها الصندوق.
4- تنظيم زيارات ميدانية للوقوف على سير مناهج المعونة ومستويات الاداء للخبراء الموفدين واعداد تقارير بشأنها.
5- تقديم المنح الدراسية للطلاب الافارقة المسجلين فى الجامعات والمعاهد العربية وذلك وفقاً لطلبات دولهم .
6- التأكيد على استلام التقارير الشخصية من الخبراء الموفدين عن انجاز مهامهم وسبل تطويرها وفق نماذج خاصة موحدة تعدها الإدارة.
7- استطلاع رأى حكومات الدول المتلقية لمعونات الصندوق حول سير تنفيذ برنامج المعونة ومستويات اداء الخبراء الموفدين وفق الاتفاقية المبرمة ومقترحاتها حول زيادة فاعلية المعونات المقدمة.
8- تعزيز الصلات المستمرة مع الجهات المستفيدة من المعونات ومدها بالارشادات العلمية والاستشارات الفنية الكفيلة لمضاعفة مردود المعونة الفنية المقدمة.
